所定の女性疾病以外の病気で入院している間に、所定の女性疾病の治療をおこなった場合は、女性疾病支援給付金は受取れますか?

はい。ご請求いただけます。
所定の女性疾病の治療を開始した日に所定の女性疾病を直接の原因として入院を開始したものとみなして、女性疾病支援給付金が支払われます。